Namun sayang, Valencia harus tunduk 2-0 dari Bayern Munchen pada partai puncak yang digelar di San Siro, Milan.
Musim selanjutnya, meski ditinggal Hector Cuper, Valencia tampil semakin perkasa di bawah asuhan Rafael Benitez.
Pablo Aimar berhasil membawa Valencia juara La Liga untuk pertama kalinya sejak 31 tahun pada musim 2001-2002.
Namun, badai cedera sempat menghantui Pablo Aimar hingga beberapa musim selanjutnya dan membuat performanya menurun.
Ketidakcocokkan dengan pelatih-pelatih yang menggantikan Rafael Benitez saat itu akhirnya membuat Pablo Aimar memutuskan hengkang.
Pablo Aimar memilih bergabung bersama mantan rekannya, Roberto Ayala di Real Zaragoza pada musim 2005-2006.
Namun, cedera kembali menghalanginya untuk bermain maksimal saat mengarungi Liga Spanyol yang kompetitif.
Akhirnya Pablo Aimar memilih hengkang dari La Liga menuju Liga Portugal bersama Benfica pada 7 Juli 2008.