Pablo Aimar bergabung bersama Javier Saviola, Oscar Cardozo, dan Angel Di Maria di Benfica dan mereka menjelma menjadi kuartet tajam.
Kuartet ini berhasil membawa Benfica memenangkan trofil Liga Portugal dan dua gelar piala domestik dengan torehan 78 gol saat itu.
Namun, Pablo Aimar kembali mengalami masalah cedera saat memperkuat Benfica sehingga menghambat penampilan timnya.
Setelah tampil sebanyak 179 kali dengan 17 gol dan 34 assist, Pablo Aimar pun berpisah dengan Benfica pada 6 Juni 2013.
Pablo Aimar mengembara jauh ke Asia untuk memperkuat tim Malaysia, Johor Darul Ta'zim pada 7 Agustus 2013.
Sayangnya Pablo Aimar hanya tampil sebanyak delapan kali untuk wakil Malaysia tersebut sebelum dirinya dilepas ke River Plate.
Cedera yang menghantuinya pun terpaksa membuat Pablo Aimar memutuskan gantung sepatu pada 14 Juli 2015.
Pada 23 Januari 2018 sempat memperkuat tim kampung halamannya, Estudiantes de Rio Cuarto di laga Copa Argentina.
Pablo Aimar memutuskan benar-benar untuk pensiun dari bermain sejak laga memperkuat tim tersebut.