Selepas SMP, ia melanjutkan pendidikannya di SMA N 2 Yogyakarta dan memilih tetap aktif berorganisasi hingga terpilih menjadi wakil ketua OSIS.
Anies juga sempat terpilih menjadi Ketua OSIS seluruh Indonesia pada tahun 1985.
Sampai dengan saat menjadi mahasiswa di UGM, dia juga aktif di organisasi dan menjadi Ketua Senat di Fakultasnya.
2. Perjalanan Karir
Sebelum berkiprah di dunia politik, Anies adalah seorang akademisi dan peneliti yang cukup aktif.
Anies Baswedan pernah bekerja Pusat Antar Universitas Studi Ekonomi Universitas Gadjah Mada, sebelum mendapat beasiswa Fulbright dari American Indonesian Exchange Foundation (Yayasan Pertukaran Pelajar Indonesia–Amerika).
Anies mendapatkan beasiswa tersebut untuk melanjutkan kuliah masternya dalam bidang keamanan internasional dan kebijakan ekonomi di School of Public Affairs, Universitas Maryland pada tahun 1997.
Setelah lulus dari Maryland, Anies Baswedan mendapatkan beasiswa untuk melanjutkan kuliahnya dalam bidang ilmu politik di Northern Illinois University pada tahun 1999.